Фрагмент документа "О НАДЗОРЕ ЗА ОБОРОТОМ ПИЩЕВЫХ ПРОДУКТОВ, СОДЕРЖАЩИХ ГМО".
III. Молекулярно-генетический анализ пищевой продукции, полученной с использованием генно-инженерно-модифицированных микроорганизмов и микроорганизмов, имеющих генно-инженерно - модифицированные аналоги, методом ПЦР с детекцией результатов методом электрофореза 3.1. Необходимость проведения лабораторных исследований для конкретных видов пищевой продукции, полученной с использованием ГММ и МГМА, определяется экспертом с учетом анализа представленной заявителем документации, перечня микроорганизмов, используемых в пищевой промышленности и имеющих генно-инженерно-модифицированные аналоги. Экспертные исследования включают подтверждение данных, предоставленных заявителем, а при необходимости - проверку на наличие возможных недекларированных генетических модификаций. 3.2. Для обнаружения ГММ проводят исследования на наличие трансгенов (чужеродных генов), регуляторных или маркерных векторных последовательностей. Наличие таких последовательностей свидетельствует о произведенных генетических модификациях. Обнаружение последовательностей таких генов производят с помощью специфичного и высокочувствительного метода полимеразной цепной реакции (ПЦР). 3.3. Рекомендуемые стратегии международных организаций (ФАО/ВОЗ) для выявления генетических модификаций предусматривают определение наиболее часто употребляемых последовательностей векторов - плазмид, с помощью которых генетическая информация вводится в клетку. В качестве маркеров используют гены, по которым проводят селекцию модифицированных клеток (гены антибиотикорезистентности, бактериоцинов), последовательности регуляторных векторных генов (полилинкеры, промоторы или терминаторы), а также последовательности мигрирующих элементов. Обнаружение таких последовательностей свидетельствует о возможных недокументированных генетических модификациях и требует проведения дополнительных исследований штаммов и/или продуктов. 3.4. Проведение дополнительных исследований осуществляют с использованием методов гибридизационного и рестрикционного анализа, секвенирования, анализа функционирования целевой вставки (изучение РНК и белка, продуцируемых чужеродной ДНК) в соответствии с официально утвержденными методами анализа. 3.5. Для качественного определения ДНК генно-инженерно - модифицированных микроорганизмов в пищевых продуктах и биологически активных добавках к пище (БАД) методом ПЦР используют тест-системы, включающие многокомпонентные наборы реагентов и праймеров (искусственно синтезированных олигонуклеотидов, комплементарных соответствующим участкам ДНК-мишени), предназначенные для выявления селективных маркерных генов, наиболее часто употребляемых при конструировании ГММ. Обнаружение маркерных генов у штаммов микроорганизмов, используемых при производстве пищевых продуктов, свидетельствует о произведенных генетических модификациях. В тест-системы входят праймеры, фланкирующие следующие последовательности: 1) гена ermC, кодирующего устойчивость к эритромицину, плазмиды pE194 Staphylococcus aureus (размер фрагмента 349 п.н.); 2) гена tetO, кодирующего устойчивость к тетрациклину хромосомы Streptococcus pneumoniae (размер фрагмента 242 п.н.); 3) гена amp, кодирующего устойчивость к ампициллину, плазмиды pBR322 Esherichia coli (размер фрагмента 321 п.н.); 4) гена lacZ, кодирующего фермент бета-галактозидазу, хромосомы Esherichia coli (размер фрагмента 158 п.н.); 5) гена ori, кодирующего ориджин репликации, плазмиды p15A Esherichia coli (размер фрагмента 382 н.п.); 6) гена hph, кодирующего устойчивость к гигромицину, хромосомы Streptomyces hygroscopicus (размер фрагмента 288 н.п); 7) гена Sh ble, кодирующего устойчивость к блеомицину, хромосомы Streptomyces verticillus (размер фрагмента 301 н.п.). 3.6. Выбранный в соответствии с правилами молекулярного дизайна и международных баз данных (с применением программ "Oligo 4.0", "Blast" и их аналогов) набор праймеров обеспечивает проведение многофакторного анализа выбранных последовательностей. 3.7. Для каждой конкретной пары праймеров ПЦР проводят с использованием оптимального соотношения компонентов реакционной смеси, структуры программы амплификации (временных и температурных характеристик каждого этапа амплификации) и адекватного метода детекции результатов, для исключения перекрестных реакций с неспецифическими ДНК и обеспечения необходимого уровня чувствительности и специфичности реакции. 3.8. Специфичность и чувствительность наборов праймеров и реагентов (положительные результаты ПЦР в пробах с контролями ДНК 4 селективных маркеров при концентрации не менее 5 x 10 ГЭ/мл, отсутствие перекрестных реакций с неспецифическими ДНК при 3 концентрации не менее 1 x 10 ГЭ/мл) подтверждают на препаратах ДНК, выделенных из штаммов микроорганизмов, указанных в таблице 1. Таблица 1 --------------------------------------------------------------------------- |N N| Микроорганизм | Номер штамма | |---|--------------------------------|------------------------------------| | 1 | Escherichia coli | M-17 | |---|--------------------------------|------------------------------------| | 2 | Lactobacillus acidophilus | Шт. Биобактон | |---|--------------------------------|------------------------------------| | 3 | Lactobacillus acidophilus | Шт. 1К В-2991 | |---|--------------------------------|------------------------------------| | 4 | Bifidobacterium animalis | Bb-12 | | |(lactis) | | |---|--------------------------------|------------------------------------| | 5 | Bifidobacterium bifidum | Шт. N 1 | |---|--------------------------------|------------------------------------| | 6 | Lactobacillus acidophilus | E.P. 317/402 | |---|--------------------------------|------------------------------------| | 7 | Lactobacillus casei | Шт. 163 | |---|--------------------------------|------------------------------------| | | | R | | 8 | Laclobacillus acidophilus | K/A - 08 | |---|--------------------------------|------------------------------------| | 9 | Saccharomyces cerevisiae | Шт. АлкоИст | |---|--------------------------------|------------------------------------| |10 | Композиция бифидобактерий | B. bifidum, N ВКПМ Ac 1248(8-3); | | | Bifidobacterium bifidum |B. longum, N Ac 1531 (ДВА-13), B. | | | Bifidobacterium bifidum |bifidum 791 БАГ | | | Bifidobacterium longum | | |---|--------------------------------|------------------------------------| |12 | Lactobacillus paracasei, | Шт. Dalton | | | subsp. paracasei | | |---|--------------------------------|------------------------------------| |14 | Композиция Lactobacillus | Шт. 8P-A3 La + шт. 90TC-4 | | | planlarum + Lactobacillus | | | | fermentum | | |---|--------------------------------|------------------------------------| |15 | Lactobacillus casei | Шт.-01 | |---|--------------------------------|------------------------------------| |16 | Lactococcus cremoris | Шт. 322 | |---|--------------------------------|------------------------------------| |17 | Streptococcus thermophilus | Шт. KTc 3 E.A. | --------------------------------------------------------------------------- 3.9. Для выявления ДНК генно-инженерно-модифицированных микроорганизмов в пробах с различными уровнями содержания микробной ДНК и ДНК пищевого субстрата используют два вида тест-систем: - комплект N 1А для выделения ДНК из ферментных препаратов, стартерных и заквасочных культур, БАД; - комплект N 1Б для выделения ДНК из пищевых продуктов. 3.10. Выделение ДНК из бактериальных культур с помощью комплекта N 1А включает лизис бактериальных клеток с последующим осаждением ДНК на двуокиси кремния. Выделение ДНК из образцов пищевых продуктов с помощью комплекта N 1Б включает предварительную обработку пробы гомогенизированных образцов протеиназой К, лизис, дополнительную обработку депротеинизирующим раствором и осаждение ДНК на двуокиси кремния. 3.11. Для выявления ГММ и МГМА в пищевых продуктах используют следующие материалы, оборудование, реактивы: 1) программируемый термостат (ДНК-амплификатор) типа "Терцик МС2" или иные типы амплификаторов, зарегистрированные в Российской Федерации в установленном порядке; 2) термостат, поддерживающий температуру +45 град.C, для пробирок объемом 1,5 мл; 3) центрифуга со скоростью вращения ротора до 12 000 об./мин. для пробирок вместимостью 1,5 и 0,5 мл типа "эппендорф"; 4) встряхиватель вибрационный типа "вортекс" со скоростью вращения до 3 000 об./мин.; 5) прибор для горизонтального электрофореза; 6) источник постоянного тока; 7) водяная баня с подогревом до +95 град.C или СВЧ-печь; 8) ультрафиолетовый трансиллюминатор; 9) очки/маска защитные; 10) холодильник бытовой электрический; 11) морозильная камера, обеспечивающая температуру (-20) град.C или ниже; 12) гомогенизатор типа "SilentCrusher" или других моделей; 13) ступка фарфоровая с пестиком; 14) пинцет медицинский; 15) ножницы медицинские; 16) скальпель медицинский; 17) весы лабораторные общего назначения 2-го класса точности; 18) дистиллятор; 19) анализатор потенциометрический; 20) облучатель бактерицидный настенный; 21) дозаторы с переменным объемом дозирования: 0,2 - 2,0 мм3 с шагом 0,01 мм3, 0,5 - 10,0 мм3 с шагом 0,01 мм3, 2 - 20 мм3 с шагом 0,01 мм3, 20 - 200 мм3 с шагом 0,1 мм3, 100 - 1000 мм3 с шагом 1 мм3, 2 - 10 см3 с шагом 0,1 см3; 22) пробирки типа "эппендорф" вместимостью 1,5 мл; 23) пробирки типа "эппендорф" для ПЦР вместимостью 0,5 мл; 24) наконечники полимерные объемом 1 - 200 мкл; 25) наконечники полимерные объемом 200 - 1000 мкл; 26) перчатки резиновые; 27) колбы плоскодонные конические разной вместимости; 28) цилиндры стеклянные мерные лабораторные вместимостью 25, 100, 1000 см3; 29) воронки стеклянные; 30) штативы для пробирок объемом 1,5 и 0,5 мл; 31) комплект N 1А для выделения ДНК из ферментных препаратов, стартерных и заквасочных культур, БАД к пище; 32) комплект N 1Б для выделения ДНК из пищевых продуктов; 33) комплект N 2 "Набор реагентов для выявления селективных маркеров генетически модифицированных микроорганизмов"; 34) комплект N 3 "Набор реагентов для выявления селективных маркеров генетически модифицированных микроорганизмов"; 35) реактивы: - тритон X-100, - гуанидина гидрохлорид, - ЭДТА (этилендиаминтетрауксусная кислота), - додецилсульфат натрия, - суспензия двуокиси кремния, - фенол водонасыщенный, - хлороформ водонасыщенный, - спирт этиловый ректификованный, - ацетат аммония, - протеиназа К, - магния хлорид, - калия хлорид, - водный раствор дезоксинуклетидтрифосфатов (0,1 М), - креозоловый красный, - термостабильная ДНК-полимераза, - масло вазелиновое, - трис-ацетат, - ледяная уксусная кислота, - агароза для электрофореза, - бромистый этидий, - вода деионизированная. 3.12. Допускаются к использованию тест-системы, комплекты (наборы) реагентов и материалы аналогичного назначения других типов, разрешенные к применению в установленном порядке и с характеристиками, обеспечивающими проведение исследований в соответствии с настоящими Методическими указаниями. 3.13. Отобранные согласно установленному порядку и нормам отбора проб (в соответствии с официально утвержденными нормативными и техническими документами) образцы подготавливают к процедуре выделения ДНК ГММ и МГМА двумя способами, в зависимости от их принадлежности к группам пищевой продукции: - из образцов проб ферментных препаратов, заквасочных и стартерных культур, БАД готовят растворы 30%-й концентрации в стерильной деионизированной воде. Для этого вносят 300 мг (мкл) порошка или суспензии исходного образца в 700 мкл стерильной деионизированной воды и перемешивают на вихревом смесителе в течение 3 - 5 с. При необходимости образец предварительно измельчают до гомогенного состояния в ступке или с помощью гомогенизатора; - из образцов других пищевых продуктов готовят растворы 50%-й концентрации, для чего к 500 мг (мкл) пробы добавляют 500 мкл стерильной деионизированной воды и перемешивают на вихревом смесителе в течение 3 - 5 с. Твердый образец предварительно измельчают до гомогенного состояния в ступке или с помощью гомогенизатора. Подготовленные образцы используют для анализа в тот же день. Допускается хранение образцов при температуре минус 20 град.C не более 2-х недель. 3.14. Выделение ДНК ГММ и МГМА из образцов исследуемой пищевой продукции проводят с использованием комплектов (наборов) реагентов для выявления селективных маркеров генно-инженерно-модифицированных микроорганизмов. Допускается применение фенол-хлороформного или другого адекватного метода экстракции ДНК. 3.15. Выделение ДНК из заквасочных и стартерных культур, БАД к пище, ферментных препаратов проводят с использованием комплекта N 1А "Набор реагентов для выявления селективных маркеров генетически модифицированных микроорганизмов". Комплект N 1А для выделения ДНК включает: - лизирующий раствор, содержащий гуанидинтиоцианат (раствор 1) - 1 фл. (30 мл); - раствор для отмывки, содержащий гуанидинтиоцианат (раствор 2) - 1 фл. (15 мл); - раствор для отмывки (раствор 3) - 2 фл. (по 70 мл); - суспензия двуокиси кремния - 1 пробирки (0,5 мл). 3.15. Выделение ДНК комплектом N 1А включает следующие этапы: - исследуемый материал в объеме 700 мкл центрифугируют в течение 10 минут при комнатной температуре (+18 - 25 град.C) при 12000 об./мин.; - удаляют 600 мкл надосадочной жидкости; оставшийся материал (100 - 110 мкл) тщательно перемешивают в пробирке на вортексе и добавляют к суспензии 300 мкл раствора 1 и 5 мкл суспензии двуокиси кремния; - пробы инкубируют в течение 15 минут при комнатной температуре, периодически перемешивая на вортексе; - пробы центрифугируют в течение 30 сек., при комнатной температуре при 12000 об./мин., супернатант удаляют; - к осадку добавляют 150 мкл раствора 2, встряхивают его на вортексе и центрифугируют в течение 30 сек. при комнатной температуре при 12000 об./мин., супернатант удаляют; - к осадку добавляют 700 мкл раствора 3, встряхивают его на вортексе и центрифугируют в течение 30 сек. при комнатной температуре при 12000 об./мин., супернатант удаляют; проводят повторную процедуру отмывки; - дополнительным центрифугированием с последующим удалением супернатанта убирают остатки раствора 3, пробы подсушивают в течение 5 мин. при температуре +45 град.C, оставляя пробирки открытыми; - добавляют в каждую пробирку 50 мкл деионизированной воды, перемешивают на вортексе и инкубируют в течение 5 мин. при температуре +45 град.C; - пробы центрифугируют при комнатной температуре в течение 30 сек. при 12000 об./мин., водную фазу отбирают в другую пробирку и используют в качестве исследуемого образца ДНК для постановки реакции амплификации либо хранят при температуре -20 град.C не более двух недель. 3.16. Выделение ДНК ГММ и МГМА из пищевых продуктов проводят с использованием комплекта N 1Б "Набор реагентов для выявления селективных маркеров генетически модифицированных микроорганизмов". При повышенном содержании жиров проводится дополнительная экстракция суспензией неполярных растворителей с водой для перевода содержащейся в пищевом продукте ДНК в водную фазу, в которой и производится дальнейшая очистка. Комплект N 1Б для выделения ДНК из пищевых продуктов включает: - раствор 1 (лизирующий буфер, pH 8,0) - 1 фл. (15 мл); - раствор 2 (смесь фенола с хлороформом, 1:1) - 1 фл. (20 мл); - раствор 3 (хлороформ) - 1 фл. (20 мл); - раствор 4 (ацетат аммония 5 М) - 1 фл. (5,0 мл); - раствор 5 (спирт этиловый 96%) - 4 фл. (по 20 мл); - раствор 6 (спирт этиловый 75%) - 1 фл. (12 мл); - раствор 7 (ТЕ-буфер, pH 8,0) - 1 фл. (6,0 мл); - протеиназу К - 1 пробирки (3,0 мг). 3.17. Выделение ДНК комплектом N 1Б включает следующие этапы: - раствор 1 прогревают при температуре +25 град.C до полного растворения осадка, непосредственно перед применением к раствору 1 добавляют протеиназу К до концентрации 200 мкг/мл (0,001 г на 5,0 мл); - в полипропиленовую пробирку вместимостью 1,5 мл вносят 100 мкл гомогенизированного образца, добавляют 100 мкл раствора 1, перемешивают на вихревом смесителе в течение 3 - 5 сек.; - пробирки инкубируют при температуре +55 град.C в течение 40 мин.; - добавляют 200 мкл (равный объем) раствора 2, перемешивают на вихревом смесителе в течение 10 сек. и центрифугируют при комнатной температуре (+18 - 25 град.C) в течение 5 мин. при 10000 - 12000 об./мин. (10000 - 13000 g); - отбирают верхнюю (водную) фазу и вносят ее в полипропиленовую пробирку вместимостью 1,5 мл, в эту пробирку добавляют 200 мкл (равный объем) раствора 3; - перемешивают на вихревом смесителе в течение 3 - 5 сек. и центрифугируют при комнатной температуре 2 мин. при 10000 - 12000 об./мин. (10000 - 13000 g). Отбирают водную фазу (200 мкл) и вносят ее в полипропиленовую пробирку вместимостью 1,5 мл, в эту пробирку добавляют 40 мкл раствора 4 и 720 мкл (3 объема) раствора; перемешивают на вихревом смесителе в течение 3 - 5 сек.; - инкубируют при комнатной температуре в течение 40 мин.; - центрифугируют при комнатной температуре (+18 - +25 град.C) в течение 15 мин. при 12000 об./мин. (13000 g); супернатант удаляют; - в пробирку вносят 100 мкл раствора 6; - центрифугируют в течение 1 мин. при комнатной температуре при 12000 об./мин. (13000 g); супернатант удаляют; осадок сушат на воздухе в течение 10 мин.; - растворяют осадок в 50 мкл раствора 7; полученные образцы ДНК используют для дальнейшего анализа. 3.18. Проведение ПЦР осуществляют с использованием комплекта N 2 реагентов для амплификации ДНК "Набор реагентов для выявления селективных маркеров генетически модифицированных микроорганизмов". Комплект N 2 реагентов для амплификации ДНК включает: - ПЦР-смесь 1 (реакционный буфер, смесь олигонуклеотидных праймеров и дезоксинуклеозидтрифосфатов) - 8 пробирок по 1300 мкл; - ПЦР-смесь 2 (термостабильная ДНК-полимераза) - 4 пробирки (200 мкл); - масло минеральное - 8 пробирок по 1300 мкл; - положительные контрольные образцы ДНК (плазмидная ДНК с клонированным специфическим фрагментом соответствующих маркерных генов) - 4 пробирки по 30 мкл; - отрицательные контрольные образцы (плазмидная ДНК pET-9) - 4 пробирки по 30 мкл. 3.19. Проведение ПЦР с использованием комплекта N 2 включает следующие этапы: - перед началом работы вынимают из морозильной камеры комплект реагентов для амплификации (кроме ПЦР-смеси 2), размораживают содержимое пробирок при комнатной температуре, тщательно перемешивают на вихревом смесителе в течение 10 сек. и помещают все пробирки в холодильник; - амплификационные пробирки вместимостью 0,2 (или 0,5) мл маркируют в соответствии с маркировкой анализируемых образцов, пробирки для положительного контрольного образца ДНК маркируют как ПК, для отрицательного контрольного образца - ОК; - рабочий раствор для проведения реакции амплификации готовят в количестве, достаточном для анализа всех проб (при анализе N образцов рабочий раствор готовится в количестве, необходимом для анализа N+1 образцов); для этого в пробирку вместимостью 1,5 мл вносят из расчета на одну пробу по 25 мкл ПЦР-смеси 1 и по 2,0 мкл ПЦР-смеси 2; тщательно перемешивают; - в каждую пробирку с анализируемыми образцами и в пробирки ПК и ОК вносят по 27 мкл рабочего раствора; - в каждую пробирку добавляют по 1 капле (или 20 мкл) минерального масла; - в каждую пробирку с анализируемыми образцами вносят под масло по 3,0 мкл исследуемой ДНК (используют наконечники с аэрозольным барьером) и закрывают их. В пробирку, маркированную ОК, внести под масло 3,0 мкл отрицательного контрольного образца и закрыть ее: - в пробирку, маркированную ПК, вносят под масло 3,0 мкл положительного контрольного образца ДНК и закрывают ее; - содержимое пробирок осторожно перемешивают пипетированием и центрифугируют при комнатной температуре в течение 5 сек. при 10000 об./мин. (11000 g); - все пробирки устанавливают в блок амплификатора и проводят амплификацию с учетом объема реакционной смеси, равного 30 мкл; программа амплификации представлена в таблице 2: ------------------------------------------------- | N | Температура | Время |Количество | | п/п | | | повторов | |-----|------------------|----------|-----------| | 1 | +37 град.С | 10 мин. | 1 раз | |-----|------------------|----------|-----------| | 2 | +95 град.С | 10 мин. | 1 раз | |-----|------------------|----------|-----------| | 3 | +94 град.С | 30 сек. | 30 раз | | |------------------|----------| | | | +60 град.С | 30 сек. | | | |------------------|----------| | | | +72 град.С | 30 сек. | | |-----|------------------|----------|-----------| | 4 | +72 град.С | 5 мин. | 1 раз | |-----|------------------|----------|-----------| | 5 | +10 град.С | Хранение | | ------------------------------------------------- 3.20. Результаты ПЦР регистрируют методом электрофореза в 1,2% агарозном геле, приготовленном на 1-кратном трис-ацетатном (ТАЕ) буфере с использованием комплекта N 3 "Набор реагентов для выявления селективных маркеров генетически модифицированных микроорганизмов". 3.21. Детекция результатов ПЦР методом электрофореза включает следующие этапы: - приготовление ТАЕ буфера: 20 мл 50-кратного концентрированного ТАЕ буфера вносят в мерную колбу вместимостью 1000 мл, доводят до метки дистиллированной водой и тщательно перемешивают; - приготовление 1,2% агарозного геля: 0,6 г агарозы растворяют в 50 мл 1 x ТАЕ буфера нагреванием в кипящей водяной бане до полного и равномерного растворения, полученный раствор охлаждают до температуры +60 град.C, добавляют 6 мкл 1% раствора бромистого этидия и перемешивают (примечание: бромистый этидий является сильным мутагеном, поэтому все манипуляции с ним и с агарозным гелем выполняют в перчатках); - проведение электрофореза: полученный раствор агарозы заливают в кювету для геля согласно инструкции к прибору для горизонтального электрофореза; - для создания стартовых лунок в кювету помещают гребенку с зубцами, полимеризация агарозы происходит при температуре ниже +42 град.C в течение 10 - 20 мин.; - после застывания агарозы осторожно вынимают гребенку и переносят гель в камеру для проведения электрофореза, в камеру заливают 1 x ТАЕ буфер так, чтобы толщина слоя жидкости над гелем составляла приблизительно 5 мм; - вносят в лунки агарозного геля по 12,5 мкл амплифицированных образцов, подключают к камере источник постоянного тока и проводят электрофорез при напряжении 120 В в течение примерно 20 мин., помещая стартовые лунки ближе к катоду; - вынимают гель из камеры, переносят его на стекло трансиллюминатора, включают трансиллюминатор и просматривают гель с последующей видео- или фотодетекцией результатов. Фотоотпечатки или оттиски, выполненные на лазерном принтере с разрешением не менее 600 точек на дюйм, прикладывают к протоколу проведения испытаний. 3.21. Интерпретацию результатов ПЦР проводят следующим образом: - в положительном контрольном образце ДНК должна выявляться полоса красно-оранжевого цвета, соответствующая по размеру специфическим фрагментам селективных маркеров ГММ; - в отрицательном контрольном образце полоса красно-оранжевого цвета должна отсутствовать; - наличие в анализируемом материале полосы красно-оранжевого цвета, располагающейся строго на уровне полосы положительного контрольного образца ДНК, свидетельствует о наличии в исследуемом образце соответствующего селективного маркерного гена ГММ. При отсутствии такой полосы результат считают отрицательным; - наличие полосы красно-оранжевого цвета в отрицательном контрольном образце, располагающейся на уровне полосы положительного контрольного образца ДНК, считают результатом контаминации. |
Фрагмент документа "О НАДЗОРЕ ЗА ОБОРОТОМ ПИЩЕВЫХ ПРОДУКТОВ, СОДЕРЖАЩИХ ГМО".