| Финансово-экономическое управление |
| Отдел защиты государственной тайны и мобилизационной подготовки |
| Управление государственной политики в сфере обустройства государственной границы |
| Управление обустройства объектов государственной границы и администрирования пунктов пропуска |
| Организационно-контрольное управление |
| Отдел государственной службы и кадров |
| Правовое управление |
| Управление делами и делопроизводства |
| Северо-Западное территориальное управление Росграницы |
| Уральское территориальное управление Росграницы |
| Сибирское территориальное управление Росграницы |
| Дальневосточное территориальное управление Росграницы |
| Приволжское территориальное управление Росграницы |
| Южное территориальное управление Росграницы |
| Калининградское территориальное управление Росграницы |